Mivel nem tudjuk pontosan, hogy mi okozza a lipodisztrófiát, ezért a kezelésére sincs biztos módszer. A testkép változásai időnként elmúlnak maguktól, máskor megállnak egy bizonyos szinten. Általános módszerként először az orvos leállítja a proteáz inhibitorok szedését, ha van más terápiás opció. Ma már nehéz, de nem lehetetlen olyan gyógyszerkombinációt kialakítani, ami nem tartalmaz PI vegyületet. Ebben az esetben általában megáll a lipó kialakulása, és hosszabb idő alatt a tünetek enyhülhetnek. Az elvesztett zsírszövet nem építhető újra. Ilyen esetben (arcon, szemüregben) a kozmetikai sebészeti beavatkozások, különféle implantátumok segíthetnek. A zavaró zsírlerakódások egy része (bölénypúp, mellek) szintén eltávolítható sebészi úton, bár sajnos a további lerakódás ezzel nem állítható meg.
A tapasztalatok szerint viszonylag jó eredmények érhetők el intenzív sportolással és tudatos táplálkozással. Kerülni kell a zsíros ételek és a cukor túlzott fogyasztását. A halolaj fogyasztása csökkenti a vérben szabadon keringő zsírok mennyiségét. A szteroidok, fehérjék és tesztoszteron segítségével megnövelt izomtömeg jótékonyan leplezi el a megváltozott testarányokat, ugyanakkor más kockázatokat is hordoz. A rendszeres testmozgás (legalább hetente háromszor, négyszer egy óra intenzív, aerob testmozgás: futás, úszás, biciklizés, aerobik, tánc) bizonyítottan késlelteti a lipodisztrófia kialakulását és csökkenti a meglévő tüneteket. Egyes esetekben az orvos vércukor-, vérzsír- vagy koleszterincsökkentő szereket írhat fel.
Semmiképpen ne hagyd abba a gyógyszerszedést, és ne változtass a terápiádon az orvosod segítsége és tanácsa nélkül. Lipodisztrófiával élni nehéz, de még mindig jobb, mint elveszíteni több terápiás lehetőséget, vagy AIDS-ben meghalni!